Самым важным продуктом (ферментом), выделяемым из плодов тропической папайи, является папаин. По характеру его ферментативного действия, вещество относят к растительным пепсинам. Приём папаина существенно улучшает процессы пищеварения, особенного при затруднении белкового переваривания. Согласно исследованиям, папаин, проявляя локальное действие и всасываясь в минимальных количествах, предотвращает побочное действие на другие внутренние органы.
Папаин может разрушать возбудителей многих инфекционных заболеваний. Кроме этого, он способен на ускорение процесса заживления ран, язв и пролежней, очищая их от некротических масс. При этом, стимулируя переваривание мёртвых клеток, папаин является безопасным для здоровых тканей.